La tala de vegetación de Páramo y Subpáramo para producir carbón vegetal, leña, o utilizar terrenos con ganadería extensiva; la apertura de carreteras, la industria extractiva, la colmatación de pantanos y la contaminación de las fuentes hídricas, son amenazas que modifican la estructura del Páramo en toda la región .

El desconocimiento del valor ecológico y el afán de lucro obligan al Municipio a trabajar conjuntamente con los dueños de los cultivos, de los predios y con las Comunidades asentadas para buscar un cambio de comportamiento y seguir en el empeño de la compra de predios en zonas de recarga de acuíferos, los cuales serían integrados a las áreas de protección del Municipio y se podrían diligenciar recursos internacionales para su protección.

En el momento en que se cree la zona amortiguadora del Parque Nacional Natural Sumapáz, actualmente en estudio por la Unidad de Parques Nacionales y la CAR, las áreas protegidas municipales que sean cobijadas por la misma, se incorporaran en la zonificación de manejo de dicha zona amortiguadora como zonas de protección.

El bosque nativo tanto húmedo como seco está sufriendo afectación por la ampliación de la agricultura y la ganadería, el uso de tóxicos y la explotación minera que ha llegado a los 3.000 metros de altura.

Esta clase de bosques se encuentran tanto en el Corregimiento Uno como en el Dos, así como en las partes altas de la Comuna Cuatro y Cinco.

Recursos Hídricos: En el páramo nacen varios ríos y quebradas, que no sólo benefician a las comunidades rurales de Soacha sino a los municipios vecinos y a la misma ciudad de Bogotá. Entre ellos están: el Río Soacha, el Río Aguas Claras, Quebrada Honda, Quebrada Las Mirlas, Quebrada Hungría y Quebrada Chorreros, cuyos nacimientos y cuencas son de gran belleza escénica, ricos en flora y fauna. Estos cauces excluyendo al Río Soacha, hacen parte de la Cuenca del Muña, abastecen acueductos de Sibaté, enriquecen las aguas del Río Blanco que abastece acueductos de Silvana y llegan al Río Sumapáz. Por lo tanto, la política de conservación del recurso hídrico del Municipio debe pasar por acuerdos regionales con municipios de la Región del Sumapáz y del Tequendama.